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あまりDeepな質問ではないですが、こういった情報は多くの人が色々なケースを知りたがっているだろうと思いますので回答いたします。
まず、複数のポンプで制御して水槽1と水槽2の水を移し替えながら濾過を共有する方法ですが、その方法だと通常では水量のバランスが取れないため、どちらかの水槽の水が増えたりして危険です。
また、パワーフィルターなどの給水と排水を分岐してそれぞれをバルブなどにより流量調節するというやり方も同様です。
これらの方法ではどんなに調節してもゴミが溜まったり停電して復帰するような電源のショックが有った場合に、同じバランスで動作しつづけない場合が有り、留守中にそういった事象に成ると部屋中水浸しと言う事もありえますので危険な方法です。
複数のポンプを水位センサーなどで電気的に水位を検知しながら駆動して、両方の水槽の水を循環させるという方法なら実現可能なように思いますが、複数のポンプや水位センサーとその制御システムを準備するのなら、金額的にも集中濾過にするメリットはあまり無いでしょう。
ということで、必然的に安価で一定の水位が保てる方法を採用しなければ成りませんが、そういう場合にはオーバーフローの原理を利用するのが普通です。
下図の様なシステムにすれば実現できます。
まず、水槽1と水槽2の間を下図の灰色のパイプで示したような折れ曲がったパイプで接続します。
ポイント−Bの個所に初めにどうにかして水を送り込み、その後にA区間の部分のパイプ内にある空気を抜きます。
こうする事によりサイフォンの原理が働き、水槽1の水位がある程度上昇すると、水は灰色のパイプを通って水槽2の方へ排水されます。
原理は外掛け式オーバーフローのページで説明しておりますこちらを見ていただければ分かるかと思います。
下図は外掛け式オーバーフローの水位調節カップを固定式にして省略した簡易式なものですので、水位調節が可能なように、外掛け式オーバーフローシステムと同様の作り方でも問題有りません。
下図のシステムでは水槽1と水槽2をつなぐ水平のパイプの高さが水槽1の水位を決定する事に成ります。
この仕組みでは水槽2から汲み上げられた水が濾過装置の中を通って水槽1へ送られ、水槽1の水位が上昇する事で、水槽1から水槽2へ水が送られるようになります。
ポンプが停止すれば水槽1も水槽2も一定の水で水の流れは停止しますし、ポンプが起動すればまた水は循環します。
この方法は水槽1と水槽2がある程度の高低差をつけて設置する事が出来、水槽1と水槽2の間に水平のパイプを通す事が出来ると言うのが設置の条件と成ります。
もちろんアクアショップの様に水槽1と水槽2を上下に置くことが出来れば両方の水槽をつなぐパイプやオーバーフローの為のパイプの構造はもっと簡単に出来ます。
このシステムではヒーターなどもどちらか片方の水槽に有れば良く、同様にCO2の拡散もどちらかの水槽で行えば両方の水槽に添加している事になり、設備が少なくて済むというメリットや、換水の際にはポンプを停止して水槽2の側だけ換水すれば、それだけで両方の水槽の換水が完了するという、魔法のようなシステムが出来上がります。
(もちろん集中濾過であるが為のデメリットも有ります)
色々と研究して挑戦してみてください。
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