砂糖等の糖分にイースト菌等の発酵菌を加えて菌が糖分を分解する際に作成する二酸化炭素を利用する物。同様の構造の物がＡＱＵＡ用品として販売されているが、身近な容器と水・砂糖・ゼラチン・イースト菌で代用できる。コストパフォーマンスは最高、ベテランの方でもこの方法で長期維持し何等問題が無い方も多数存在する。

この方法の難点は

1. 菌の活動に頼るので四季を通じて一定の温度を保つ必要がある.
   冬場は発酵が遅くなる、逆に夏場は発酵が早く砂糖ゼリーが溶けて発酵期間が短くなる。
2. 発酵し過ぎによる発酵溶液の水槽内への流入などの事故が起こる。
   急な温度上昇やイースト菌の入れすぎ等により急速に発酵し溶液が水槽内に入り最悪の場合は魚が死ぬ。
3. 夜間停止が不可能.
   夜間のＣＯ２添加を止めたい場合コックを付けて夜間発生分は空気中に捨てるなどの対応が必要.
   また発酵温度を利用して夜間は発酵ボトルの温度を下げるなどして発酵を抑制するのも良いでしょう。

多少の手間と安定供給のためのこつは必要ですが、スプレー缶式よりは至って有効です.
後述の小型高圧ボンベを使っていたもののランニングコストに耐えきれず発酵式に戻られる方もいるほどです。

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